一、股权转让协议的转让标的条款
转让的标的应当明确是目标公司的股权。由于实践中公司资产转让/项目转让和公司股权转让可能产生混淆和争议，因此应当对此予以注意。如果是公司100%的股权转让，则公司全部资产也必然发生跟随股权转让的情况。但在有的公司中，转让方股东实际控制着某项公司资产或公司的业务项目，而该股东将其持有的公司全部股权转让给受让方，表面上看是将其控制的资产或项目转让，但实际上这二者之间是有重要区别的。
股权转让的情况下，公司的债务首先由公司自身资产来清偿，但会影响受让方的经济权益，而同时受让方也可以享受公司的收益分配权;而资产或项目转让的情况下，受让人不需对公司债务承担责任，但是资产或项目的转让需要得到公司的同意，否则协议的效力就存在问题。所以转让标的条款在这样的股权转让交易中需要特别注意。
二、股权转让协议中价格的确定方式
价格的确定方式之所以重要，这是因为：虽然在几乎所有的股权转让协议中，都必然会有转让价格条款，但实践中股权的真实转让价格有可能与协议中所写的价格不一致，甚至相差很大。当双方后来因种种原因发生争议时，往往需要法院根据证据情况来判断哪个价格是真实的价格，这就为双方增添了不必要的不确定因素。价格的确定方式条款就是为了最大限度解决这一问题的。
对价格的确定方式归纳了几种方法：
资产评估法，即根据资产评估报告按照公司资产在转让时的净值为依据确定转让价格;
溢价法，即将资产净值考虑其将来的升值潜力，给予一定幅度的扩大，作为转让价格依据;
综合定价法，即当受让方除了要向转让方支付现金转让款时，还要承担特定的债务或其他义务，这样的条件下股权转让价格就不光是一个确定的金额数字，而是综合各项条件后确定的。当协议中详细说明了这些价格的确定方法以后，将来发生争议的可能性就大大减少了。
三、股权转让协议的优先权条款
公司其他股东对股权转让的优先购买权是法定的权利，不能剥夺，不能回避。如果股权是转让给公司外部的非股东第三人，优先权条款就非常重要，关系到股权转让协议的有效问题。
该条是指转让方有义务通过适当的程序向其他股东发送了股权转让的通知，将拟转让的股权数量、转让价格等条件、拟受让的非股东第三人的情况、要求其它股东在30天内(或章程规定的时间)答复是否同意转让的意思、如同意转让，要求其在合理期限内行使优先购买权的意思、申明如既不同意转让，又不购买，视为同意转让且放弃优先购买权等这样一些内容以书面方式通知到了所有其他股东。当其他股东并未行使相关的优先购买权时，股权才可向第三人转让。
四、股权转让协议中股权的内部登记
内部登记的重要性在于它是确认投资者股东身份的主要依据。当受让人出资受让股权后，如果其姓名或名称尚未记载于工商登记中，并不影响其股东的地位，只要在公司内部登记资料中进行了登记即可。内部登记主要是指：公司股东名册、股东会会议记录、出资证明等。
在股权转让协议中，对于股权变动的内部登记，应当予以约定，如果有一方违反约定义务使股权未能及时、正确等登记在内部文件中导致另一方损失，则应有相应法律后果。
五、股权转让协议的知情条款
这类条款的名称并不固定，有时也可以用受让方申明的方式出现。它主要是用来保护转让方的权益。这主要是指：股权转让协议中约定，在签订本协议时，受让方已经对拟转让股权所属的目标公司的财务状况、公司重大合同、重大诉讼、对外债权债务、公司内部的管理规范及公司章程等信息已经充分了解，并在此基础上自愿受让有关股权。
该条款的重要性在于说明股权转让是双方(特别是受让方)的真实意思表示，因此如果事后受让方以不知道公司某些重大事实为由主张转让方欺诈等，就是站不住脚的。
六、股权转让协议中风险转移与追偿
我们建议在股权转让合同中约定投资风险的转移条款。即公司经营的利益分配和投资亏损的承担，以及如果遭第三方起诉、查封财产、追究股东责任等情况下，以什么时间节点为转让人和受让人权利义务转移的标准。
比如：以签订股权转让协议时为准、以受让方付清全部转让款和其他转让义务时为准、以办理了公司内部股权变动登记为准、以工商登记为准等。这种约定只具有对内效力，可用于一旦发生投资风险，一方是否可以向另一方追偿损失的问题。
七、股权转让协议的违约责任
没有违约责任的合同在法律约束力上是有重大欠缺的。我们建议，对于一项完备的股权转让协议来说，违约责任条款可以分成这样几个部分进行约定：
1. 陈述守约义务。
2. 违约赔偿。如协议任何一方违反本协议任何条款所设定的义务，或所作陈述与保证有任何不实，导致另一方收到损害的，违约方应对守约方的损害承担全部赔偿责任。赔偿责任的范围除了直接经济损失外，还可以约定包括诉讼费、仲裁费、律师费、因请求赔偿而发生的差旅费、调查费等。
3. 重大违约。特别指出协议中几处关键的条款，如违反这些条款，视为重大违约。发生重大违约的，违约方除承担赔偿责任外，还应承担特定数额的违约金，此外还可考虑守约方有权选择单方解除合同等。