杨志杰不明不白被关12年，这无疑是一起“骇人听闻”的超期羁押案件。在强调法治的时代背景下，这种案件的出现尤其让人难以容忍。
表面看来，在杨志杰案件中，司法机关有一定的证据怀疑被告人有罪，却又不能排除其他人作案的合理怀疑，加上对被告人未决羁押时间已经很久，负责承办案件的侦查人员、检察人员和审判人员无形之中与案件的结局发生了直接的利害关系，而被害人方面则对被告人动辄以报复相威胁。这些因素无疑都促成了超期羁押的延续。
然而，这样的解释仍然不能充分地说明问题。事实上，在现行刑事司法体制和未决羁押制度不发生根本变革的情况下，超期羁押的发生几乎是不可避免的。
从根本说，中国的未决羁押制度还处于法治化水平较低的状态。从实体层面上看，尽管在公法领域，凡是公共权力机构剥夺公民权利的场合，都必须受到诸如“处罚法定”、“罪刑相适应”等基本原则的限制，但与犯罪者相比，那些仅仅因为涉嫌犯罪而被羁押的嫌疑人、被告人，却不能得到有效的法律保障。
而在适用程序方面，无论是刑事拘留、逮捕还是拘留、逮捕后的持续羁押，都是由公安机关、检察机关基于侦查、公诉的需要而采取的，它们几乎不受任何形式的司法审查、司法授权和司法救济。可以说，在未决羁押的实施程序上，公安机关、检察机关既是追诉者又是裁判者，它们事实上在充当“自己案件的法官”;面对超期羁押和无理羁押，公民无法有效将问题提交给中立的司法裁判者，也无法获得专门的司法听审，更无法获得司法机构所提供的“人身保护令”救济。
更可怕的是，由于不受有效的司法控制，本来应当属于刑事诉讼程序保障措施的未决羁押，在实践中越来越变成带有惩罚性和预支刑罚的性质，成为得到最普遍适用的强制措施，而那些旨在替代羁押之适用的取保候审、监视居住等措施，反倒成为强制措施适用上的例外。
制度设计上的缺陷还远不止上述这些大的方面。事实上，超期羁押的发生还有一系列制度设计的技术性原因。例如，无论是刑事拘留、逮捕还是逮捕后的羁押，都没有专门的“羁押理由”，使得羁押几乎完全依附于拘留和逮捕，成为拘留和逮捕实施后的当然状态和必然结果。于是，只要嫌疑人、被告人受到逮捕，检察机关和法院在诉讼中似乎都不再对羁押的正当性和合理性进行任何形式的审查，更不用说在每一阶段根据羁押理由的存在与否作出解除羁押或者变更强制措施的决定了。又如，未决羁押在期限上一直依附于“办案期限”，可以随着审查起诉、审判期限的延长而任意无限地延长，使得那些在长时间无法审理终结的案件，不得不处于无限期羁押的状态。
又如，作为未决犯的羁押场所，看守所设置在公安机关内部，这或许是造成超期羁押的又一制度原因。一般说来，看守所应当由侦查机关以外的其他机构加以控制和管理。毕竟，“谁掌握了人的生存，谁也就控制了人的意志。”但是，我国羁押未决犯的看守所却设置在公安机关之中。作为绝大多数刑事案件的侦查机构，公安机关以“打击犯罪”、“侦破案件”为己任，对于掌控在自己手中的嫌疑人、被告人，当然会千方百计地采取各种手段，以获取有罪供述和证据线索，并尽量地“挖余罪”、“找同伙”。处于侦查人员直接控制下的嫌疑人，不得不面临“人为刀俎，我为鱼肉”的命运。在这种情况下，刑讯逼供的发生就有了更大的方便和更为堂皇的借口，律师的会见权也注定会受到刁难。至于羁押，则更被视为获取口供、侦查破案的基本前提条件。于是，超期羁押、违法羁押、无理羁押的大量发生，也就毫不为怪了。
或许，我们对未决羁押制度还会有更多的反思和批评。但归根结底，未决羁押制度中存在的问题都应归结为宪政体制问题。维护司法独立，建立违宪审查机制，使公民的“人身自由不受任意侵犯”的宪法权利在普通诉讼途径无法得到救济之时，有机会获得最后的宪法救济。这是中国公民权利保障事业的未来必由之路。公民的人身自由也只有拥有宪法层面的保护，才会具有坚实的法律基础和有效的救济机制。
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